В мире шиноби снова настало смутное время, которое до этого момента было лишь печальной ностальгией, и темой для различных историй. Начинается Четвертая Мировая война, которая как и другие принесет в этот мир лишь боль и страдание. Многие молодые шиноби увидят её впервые, для всех жителей пяти стран  это будет испытанием, ведь всего год назад, безмятежно царил мир, но ничто не вечно.
Пять великих стран ниндзя впервые объединяются для этого сражение, их противник - Учиха Мадара, живая легенда, человек который вместе с Хоширамой Сенджу основал Коноху. На его стороне Якуши Кабуто, искусный медик, использующий запретные дзютсу, с их помощью создав армию из павших шиноби пяти великих стран, которые теперь должны сражаться со своими собратьями. Никому не известно что нужно Якуши от Мадары, но он явно действует для удовлетворения своих личных целей. К старшему Учихе так же присоединяется Саске, юный мститель из Конохи, который еще и не подозревает о том, что он стал разменной монетой между Мадарой и Кабуто.
Сейчас на поле боя лишь две фракции, Объединенный альянс шиноби, состоящий из сильнейших ниндзя пяти великих деревень, и Акацки, группа сформированная Учихой Мадарой. Альянс был разделен на подразделения, лидером стал Казекаге - Сабаку но Гаара.
Сейчас все только начинается, впереди лишь неизвестность, каждый сам будет вершить свою судьбу на поле брани. Не обойдется без жертв, предательств и саботажей, но отчаиваться нельзя!
Тем временем...
Джинчурики Наруто и Кира Би тренируется на острове, скрытые от всех, и еще даже не подозревают о том, что цель их тренировок лишь скрыться от Акацки. Наруто осваивает контроль над Кьюби,  его тренировки как обычно проходят на переделе его возможностей, но и без трудностей не обойдется.
Вера в добро всего помогала выжить, но что если нашим героям не удастся одержать победу? Что если Мадара возьмет верх?
Сейчас, все жители деревень, и шиноби на полях боев надеются, надеются на лучшее, и делают все что в их силах, что бы предотвратить победу зла.
Что будет впереди? Кто знает...